納稅人開具增值稅電子專用發票（以下簡稱“電子專票”）后，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止、銷售折讓等情形，可以開具紅字電子專票。相較于紅字增值稅紙質專用發票開具流程，納稅人在開具紅字電子專票時，無需追回已經開具的藍字電子專票，具有簡便易行好操作的優點。具體來說，開具紅字電子專票的流程主要可以分為三個步驟。納稅人開具增值稅電子專用發票(以下簡稱“電子專用發票”)后，如遇銷售退回、開票有誤、暫停應稅服務、銷售折扣等情況，可開具紅字電子專用發票。與紅字增值稅紙質專用發票開具流程相比，納稅人在開具紅字電子專票時，無需收回已開具的藍字電子專票，具有簡便易行的優點。具體來說，紅字電子專票的發行流程可以分為三個步驟。
第一步，由買賣雙方納稅人在增值稅發票管理系統(以下簡稱“發票管理系統”)中填寫《開具紅字增值稅專用發票信息表》(以下簡稱“信息表”)。根據購買者是否使用過電子專票申報抵扣，有兩種方式開具《信息表》。第一種是買方出具的信息表。如買方已使用電子專票申報抵扣，買方將在發票管理系統中填寫并上傳《信息單》。在這種情況下，不需要在信息表中填寫相應的藍色電子專票信息。第二種是賣方出具的信息表。如買方未使用電子專票進行抵扣，賣方將填寫信息單并上傳至發票管理系統。在這種情況下，信息表需要填寫相應的藍色電子專票信息。
第二步是稅務機關信息系統的自動驗證。稅務機關通過網絡接收納稅人上傳的信息單，系統自動驗證后，生成帶有“紅字發票信息單編號”的信息單，并同步到納稅人系統。
第三步，賣方納稅人開具紅字電子專票。銷售者在發票管理系統中查詢核實后的信息表后，即可開具紅字電子專票。紅字電子專票應與《信息表》一一對應。
需要注意的是，在買方已經使用電子專票申報抵扣的情況下，由于買方開具《信息單》與賣方開具《紅字電子專票》之間可能存在一定時間差，買方應將《信息單》所列增值稅金額從當期進項稅額中臨時轉出，取得賣方開具的《紅字電子專票》后，將與《信息單》一起作為會計憑證使用。