1.保護的目的不同
受商標權保護的商標是具有區別商品或服務來源的顯著特征的標志。保護的目的是促進生產者保證商品質量，維護商標信譽，從而保護消費者利益，促進社會主義商品經濟的發展和公平競爭。
受專利權保護的發明創造是技術方案或者藝術創作，是設計中特有的創造性。保護的目的在于鼓勵發明創造，方便發明創造的推廣應用，促進科技進步和創新。
2.保護的對象和范圍不同
商標權的客體是由文字、圖形或其組合構成的注冊商標。商標權的保護范圍僅限于核準注冊的商標和核準注冊的商品。
專利權的客體是專利發明、實用新型或者外觀設計。其中，發明是指以前沒有提出過，經過實踐可以應用的重大新科技成果；實用新型是指對物品的形狀、結構或者組合的創新設計，也稱為小發明；外觀設計是指對產品的形狀、圖案、顏色或其組合具有創新美感，適合工業應用的新設計。專利權的保護范圍以發明、實用新型權利要求書和以圖片、照片展示的外觀設計專利產品的內容為準。
3.國家主管當局不同于適用的法律
中國《商標法》(2001年10月27日第二次修訂)是管理商標的基本法。國家工商行政管理局商標局主管全國商標注冊和管理工作。
中國專利法(2000年8月25日第二次修訂)是管理專利的基本法。國家知識產權局專利局主管全國專利受理和專利申請審查工作。
4.時效性不同
我國《商標法》規定，注冊商標有效期為10年，期滿可以續展，無制度可重復申請。每次續展注冊的有效期為10年，因此商標權的有效期實質上可以是無限期的。
根據我國專利法，發明專利的有效期為20年，實用新型和外觀設計專利的有效期為10年，期滿后不得續展。
顯然，商標權和專利權屬于兩種不同類別的知識產權，兩者明顯不同，分別受《商標法》和《專利法》保護。