增值稅發票綜合服務平臺（企業端）優化升級了原增值稅發票選擇確認平臺和發票查驗平臺，為納稅人提供了增值稅發票的網上抵扣勾選、退稅勾選、代辦退稅勾選、進銷項發票查詢、成品油消費稅管理和發票下載等功能，功能更加完善、界面更加友好。增值稅發票綜合服務平臺(企業端)對原有增值稅發票選擇確認平臺、發票查驗平臺進行優化升級，為納稅人提供了網上抵扣核對、退稅核對、代理退稅核對、進出口項目發票查詢、成品油消費稅管理、發票下載等功能。功能更加完善，界面更加友好。
檢查扣除的特殊注意事項。
1.確認用途后，必須檢查所有發票。可以勾選的發票類型有:增值稅專用發票、機動車統一銷售發票、電子普通增值稅發票(通行費)。發票的用途包括:申請抵扣或不抵扣、出口退稅和代理退稅。三種用途相互獨立，每張發票只能選擇其中一種。
2.扣除檢查添加確認簽名操作。無論是掃描認證發票還是平臺核對的發票，都需要登錄綜合服務平臺進行簽字確認，否則系統在申報時無法獲取進項稅。報告期內，納稅人可使用“抵扣核對統計”功能申請抵扣，在抵扣統計表上簽字確認，簽字確認后填寫申報表申報。
3.期間申請統計、簽字確認后，允許多次撤銷、重新申請/確認簽字。撤銷簽名只能在未聲明或成功撤銷聲明的前提下進行。申請統計或簽字后，發票的校驗狀態被鎖定，扣款/不扣款需要取消統計。
4.更改有效稅額時，請注意有效稅額小于或等于稅額。納稅申報單一旦被部分勾選，就不能撤銷，剩余的稅額也不能扣兩次。
5.納稅申報、納稅經核對不可抵扣后，不可撤銷，即納稅人確認發票不可抵扣，未來納稅期不能轉為抵扣。
檢查退稅的特殊注意事項。
1.只有外貿企業和涉外綜合服務企業有這個模塊。
2.沒有這個模塊，需要檢查納稅人檔案是外貿企業還是涉外綜合服務企業。如果不同步，需要在稅務局加載文件。
3.納稅人可以在每個自然月的期間內多次確認當期已核對的發票，確認后退稅核對不可撤銷。確認前，取消退稅檢查后，可以重新選擇發票是抵扣還是退稅。
4.國外綜合服務企業在平臺上有檢查代理退稅的功能，僅適用于帶有代理退稅標識的增值稅專用發票。代表代理檢查退稅功能，是保兌的，不可撤銷的。
其他注意事項
1.逾期發票抵扣聯審核通過后，納稅人通過“抵扣聯-逾期抵扣聯”進入逾期抵扣聯審核頁面進行審核或取消審核。該功能不替代已有的逾期增值稅抵扣憑證抵扣申請的審核流程。
2.納稅人可以通過“取消勾選”提前確認并簽署已勾選的發票，無需等到次月第一天。納稅人只在取消稅務登記時使用注銷檢查功能。納稅人注銷支票后，需要完成注銷申報或注銷注銷支票。
3.當企業符合退稅所屬期條件，需要繼續發票認證工作至上期時，平臺支持退稅所屬期功能。
退稅期限的具體條件如下:
(1)退稅期間前，“扣查”模塊未申請統計或已取消統計；
(2)平臺在上一個期間或征收截止日撤銷申報后第二天未收到申報結果，將納稅期間切換至下一個期間；
(3)平臺從征管系統獲取的需要退還發票稅款期間的申報結果為“未申報”；
(4)退稅的期間功能僅在報告期內有效。
4.增值稅發票檢驗可通過“錄入發票查詢-發票檢驗”功能實現。發票查驗按鈕鏈接“全國增值稅發票查驗平臺”，點擊后自動跳轉。