1、占比不達標。研發人員不達標，研發費用占比不足，高品收入占比不達標。某企業不注重規劃，年底企業銷售收入激增，導致年底找研發費用的情況頻發。某研發型科技企業沒有提前規劃，年度入賬政府補貼800萬，導致補貼收入大于自產銷售收入，高新技術產品收入占比不達標。1.比例不達標。R&D人員不達標，R&D費用占比不足，優質產品占比不達標。某企業不注重規劃，年末銷售收入激增，導致年末研發費用頻繁。某R&D科技企業未提前規劃，錄得年度政府補貼800萬元，導致補貼收入大于自產銷售收入，高新技術產品收入占比不達標。
2.不同系統對相同數據的報告不一致。統計季報、火炬年報和高年報數據不一致。某企業不重視高新技術內容的申報，導致稅務系統與高新技術系統之間R&D費用、員工總數、R&D人員數量不一致，導致重新認定時稅務解釋困難。
3.年度火炬報告中有很多交叉核對的關系。錯誤不能報告，警告不能合理解釋。某科技企業在填報過程中，系統總是會報警，導致不能按時報送。
4.錯過了報告時間。科技廳通知周期短，系統用戶多，截止時間系統將在中華人民共和國科技部關閉。
5.對技術術語(基礎研究與開發、科技成果、新產品定義、人員與項目關系)理解不當導致填寫錯誤，影響三年后高申報。一個新認定的高科技企業，不知道怎么填這些數據。
6.R&D費用占銷售收入的比例不達標。坪山新區某公司最后導致去年R&D費用嚴重偏高，稅務部門認為存在數據采集偏高的嫌疑。
7.費用之間的比例和項目之間的分配不合理。例如，項目間費用的平均分配，R&D費用結構表中的平均分配，乍一看，就是專家的R&D費用。
8.采集口徑。不能收取的費用，如福利費、招待費等，目前按照《高新技術企業R&D費用原則》、《高新技術企業工作管理指引》第195號收取，附加扣除收取原則為《財政部、科技部國家稅務總局關于完善R&D費用稅前附加扣除政策的通知》，財稅[2015]119號， 以及《中華人民共和國國家稅務總局關于企業R&D費用稅前附加扣除政策有關問題的公告》，中華人民共和國國家稅務總局公告2015年。
9.原始憑證不能證明是R&D費用。某科技企業的證據鏈不完整，無法證明R&D費用的真實性。
10.組織和協調。由于涉及到很多相關部門，部門之間的合作存在很大問題，難以明確部門的職責。
1、“做”賬。財務管理制度和內部控制制度不健全，R&D費用很容易由單獨的財務部門“制造”。
12.專業限制。財務人員對高專業水平有局限性，對高財務的理解不清晰。
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