香港作為世界知名的金融中心和自由港，吸引了全世界大部分跨國公司在香港設立分公司，而這也為香港帶來了許許多多的機遇。因此，很多內地公司也在香港設立公司。在實際經營中，經常會碰到內地公司和香港公司哪方為實際管理機構的問題。下面給大家介紹，如何認定香港公司與內地公司關聯的實際管理機構？
一、國稅發[2009]82號規定，香港子公司同時符合以下條件的將認定實際管理機構在中國大陸。
1.香港子公司負責實施日常生產經營管理運作的高層管理人員、及其高層管理部門履行職責的場所，主要位于中國境內；
2.香港子公司的財務決策（如借款、放款、融資、財務風險管理等）、人事決策（如任命、解聘和薪酬等）由位于中國境內的機構或人員決定，或需要得到位于中國境內的機構或人員批準；
3.香港子公司的主要財產、會計賬簿、公司印章、董事會和股東會議紀要檔案等位于或存放于中國境內；
4.香港子公司1/2（含1/2）以上有投票權的董事或高層管理人員經常居住于中國境內。
二、根據《國家稅務總局關于印發<境外注冊中資控股居民企業所得稅管理辦法（試行）>的公告》（國家稅務總局公告2011年第45號），境外中資企業居民身份的認定，采用企業自行判定提請稅務機關認定和稅務機關調查發現予以認定兩種形式，并自收到居民身份認定書之日起30日內辦理稅務登記。賬簿憑證要使用中文，并報送稅務機關備案，發票存根應當保存在中國境內，以備稅務機關查驗。
1.當香港公司被認定為大陸居民企業后，因同時也是依照香港法律設立的法團公司，將具有雙重居民身份，根據《內地和香港特別行政區關于針對所得避免雙重征稅和防止偷漏稅的安排》第4條第3款規定，除個人以外，同時為雙方居民的人，應認為是其實際管理機構所在一方的居民。因此，實際管理機構被判定在大陸的香港子公司取得所得應在大陸繳稅，無需在香港繳納利得稅。
2.如香港子公司被認定為非境內注冊居民企業，應履行居民企業納稅義務
境內公司設立香港子公司，符合非境內注冊居民企業的認定條件的，應遵照國內企業所得稅的管理。
根據《國家稅務總局關于印發<境外注冊中資控股居民企業所得稅管理辦法（試行）>的公告》（國家稅務總局公告2011年第45號）第四條“非境內注冊居民企業應當按照企業所得稅法及其實施條例和相關管理規定的要求，履行居民企業所得稅納稅義務，并在向非居民企業支付企業所得稅法第三條第三款規定的款項時，依法代扣代繳企業所得稅。”
即香港子公司被認定為非境內注冊居民企業的話，必須按境內規定依法代扣代繳企業所得稅，有些境內企業設立香港子公司的目的（避免代扣代繳稅款）也就無從實現。
以上就是關于如何認定香港公司與內地公司關聯的實際管理機構？的簡單解答，由此可見，內地企業在香港設立公司，將會牽涉到多個方面的管理權認定，而這就需要一家專業秘書公司為您答疑解惑。