大家應該發現了，現在很多代理機構都打出了“免費注冊公司”“1元注冊公司”的廣告，可是在注銷公司的時候，這個價格要比注冊公司的高出很多，這讓很多人都不理解，南京公司注銷的流程本來就很復雜，再加上如果公司稅務問題沒處理好，南京公司注銷會更麻煩。
一、注銷公司國、地稅局注銷
首先，注銷公司肯定要先把國、地稅注銷掉（所得稅在國稅的，先注銷地稅；所得稅在地稅的，先注銷國稅）。在進行稅務注銷的時候，要清算公司的增值稅、企業所得稅、增值稅附加稅、印花稅等。
地稅方面，還會特別收取租賃合同印花稅，賬本印花稅、實收資本印花稅等等。由于稅務注銷的時候，需要提供公司近三年的帳本、會計憑證、財務報表等。如果公司從來沒有記過賬，那么就要重頭開始補賬。再加上注銷之前難免要解決補賬、補稅、處理各類工商、稅務變更等事項，不是一般的麻煩。除了補賬之外，稅局還會要求出具清算報告，至少要出具最后一年的，有的稅局要求每年都要有。
另外，需要整理企業所有的賬本、憑證、財務報表，上傳國稅、地稅報表，如果企業以前的賬務沒有整理或者沒有做，那么需要全部補齊全。其次，稅局還會核查企業所有的稅務問題，看看是否有納稅異常或者抽逃稅款的情況。
二、注銷的補稅情況或者罰款較多
一般南京公司注銷往往是因為公司出了一些問題才去注銷，但注銷的時候也會查出一些問題。比如：企業的租金發票開了沒有，是否還在注冊地址經營了，企業的租賃合同都找不到了，前幾年企業的稅收偏低等等情況。注銷的手續又要增加，費用自然又要增加了。這就是為什么注銷公司比注冊公司還貴的原因。
之前沒辦租賃憑證，到注銷的時候，稅局還是會收租賃合同的印花稅；一直認繳注冊資本，從來不實繳，稅局照樣有辦法估算公司的資本印花
這就是南京公司注銷難，代辦南京公司注銷貴的原因，但是不管是難還是貴，切記公司不經營了一定要將公司處理掉，不要放任不管，否則當你承擔后果的時候再去注銷可能花的錢遠比一開始要多。