商標轉讓合同是商標轉讓不可或缺的一部分，不可避免地會產生合同問題的糾紛。那么當我們遇到商標轉讓合同糾紛時，該怎么辦呢？
商標轉讓合同糾紛有以下幾種解決方式：
1.如果是企業內部問題導致的糾紛，則屬于民事法律糾紛范疇，當事人自身需要通過司法訴訟來維護自身權益。
民事調解達成的協議不具有法律強制力，但仲裁調解或訴訟調解達成的協議在依法作出的法律文書生效后具有強制力，當事人必須履行協議內容。
2.如果商標轉讓申請正在商標局的轉讓審查過程中，商標局會給當事人一個合理的處理期限。
商標合同糾紛的調解沒有法定程序，但商標合同糾紛的仲裁或訴訟必須嚴格按照仲裁法和民事訴訟法規定的程序進行，否則就是程序違法。
3.如果商標糾紛涉及法定權限，當事人只能通過向法院申請證據保全措施，暫時凍結商標轉讓后權利的執行，最終通過訴訟程序解決糾紛。
4.如果商標是非法轉讓的，比如假冒、偽造，需要當地公安部門做刑事鑒定，然后走司法程序。
5.對屬于商標局作出的“不予受理”、“不予核準”等行政決定的行政爭議，當事人可以通過國家工商行政管理總局或者行政訴訟解決。
仲裁機構對商標爭議的仲裁裁決是終局的，具有法律效力。當事人不自覺履行的，對方當事人可以申請有關人民法院強制執行。
商標爭議經人民法院依法審理并作出民事判決后，當事人可以在法定期限內向上級法院提起上訴，二審為終審。生效的民事判決具有強制執行效力，當事人應當自覺履行。如果他們不履行，法院可以根據一方當事人的申請或依職權采取措施，迫使有關當事人履行判決的內容。