申請流程是，一般為專利申請、專利受理、專利審查、專利授權到發證。申請專利可以通過國家知識產權局下載有關專利申請的文件進一步填寫上交，假如通過專利代理機構的形式申請專利的話那么直接讓代理機構一站式辦理就可以了，不過需要注意訂立號保密文件，給有資質的專利代理機構辦理。
法律依據：
1、《專利法實施細則》第8條規定：“發明專利申請涉及國防方面的國家秘密需要保密的，由國防專利機構受理;國務院專利行政部門受理的涉及國防方面的國家秘密需要保密的發明專利申請，應當移交國防專利機構審查，由國務院專利行政部門根據國防專利機構的審查意見作出決定?！绷硗猓^密級涉及國防利益的發明不得申請國防專利。
2、根據《國防專利條例》的規定，國防科學技術工業委員會設立國防專利局，統一受理和審理國防專利申請。所以，涉及國防的發明創造申請國防專利權時，可以直接向國防專利局提交請求書、說明書及其摘要、權利要求書等文件。值得注意的是，申請人應當按照國防專利局規定的要求和同一格式撰寫申請文件，并親自送交或者經過機要通信以及其他保密方式傳叫國防機構，不得按普通函件郵寄。國防專利局收到國防專利申請文件之日起為申請日。
如果申請人將涉及國防利益的發明創造以普通發明專利向國家知識產權局專利局提交專利申請，且被專利局受理的，專利局經審查認為涉及國防方面的國家秘密需要保密的發明專利申請，應當移交國防專利局審查。
另外，國防專利局定期派人到專利局查看普通專利申請，發現其中有涉及國防利益或者對國防建設有潛在作用需要保密的，在取得專利局同意后抽出轉為國防專利申請，并通知申請人。
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