發明人攜帶申請登記表、申報知識產權保護申請表、保密審查證明、減緩證明表、交底材料前往先進技術研究院審查備案。
材料通過審查，發明人前往某大學專利中心或代理機構專利中心進行專利申請，繳存費用。
專利代理人與發明人聯系，商討確定要求保護的技術范圍、修改專利申請文件并定稿;代理機構向國防專利局遞交專利申請并取得專利申請號。
專利授權后，代理機構通知發明人領取受理通知書、授權書和證書原件。由于國防專利需要保密，然而保密并不意味著所有人都不知道，保密是限于一定范圍，只限一定人知悉。國防專利機構會出版《國防專利內部通報》，這屬于國家秘密文件，其知悉范圍由國防專利機構確定。
發明人將專利證書原件上交先進技術研究院，由先進技術研究院上報學校統一存檔，專利申請費及授權當年的年費由科發院或企業與代理機構結算。
注意事項：
專利申請涉及國防利益需要保密的，由國防專利機構受理并進行審查;國務院專利行政部門受理的專利申請涉及國防利益需要保密的，應當及時移交國防專利機構進行審查。經國防專利機構審查沒有發現駁回理由的，由國務院專利行政部門作出授予國防專利權的決定。
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