在馬德里商標國際注冊申請中，日本和加納的單獨規費的收費方式是申請費和注冊費分兩次收取：在新申請或后期指定中指定日本或加納的，申請人先繳納申請費；日本特許廳或加納工業產權局審查核準后，通知申請人繳納注冊費。申請費申請人可以自己向國際局繳納，也可以通過中國商標局轉交。根據國際局的通知，日本和加納的注冊費由申請人或代理人直接向國際局繳納，不通過商標局轉交。(具體費用見指定收取單獨規費國家的收費標準)
1 、瑞士法郎支票支付；
2 、轉帳至國際局在日內瓦瑞士信用銀行的賬戶，賬號： 487080 － 81 ；
3 、轉帳至國際局在日內瓦的郵政賬戶，賬號： 12 － 5000 － 8 ；
4 、從在國際局開立的有效賬戶上劃款。
繳費時必須指明該款項用于商標國際注冊（標明國際注冊號）的日本或加納二期單獨規費，并提供國際局繳費通知上的編號。
申請人或代理人應及時在繳費期限內辦理繳費事宜，以便獲得在日本和加納的注冊商標權利。